Nasceu em Belene, na Bulgária no dia 16 de novembro de 1900. Ingressou no seminário da Congregação, província Mãe da Santa Esperança, com apenas 11 anos em sua pátria. Foi depois enviado para as casas passionistas da Bélgica e Holanda para completar seus estudos. Fez o noviciado em Ere, Bélgica e, então, adotou o nome de Eugênio do Sagrado Coração. Concluídos os estudos teológicos, foi ordenado sacerdote em 25 de julho de 1926. Seguidamente foi para Roma, onde, em 1932, doutorou-se em teologia no Pontifício Instituto Oriental.
Regressou à Bulgária em 1933. Depois de vários anos de serviço pastoral como pároco em Russe e Badarski-Gheran, foi consagrado bispo de Nicópolis em 1947. Era muito conhecido e amado em todo o país.
A Bulgária vivia, então, sob o domínio do regime stalinista. Dom Eugênio foi preso no auge da repressão desse regime, iniciada, em 1944, contra os cultos religiosos, principalmente contra a Igreja Católica. Foram proibidos feriados religiosos, manifestações fora das igrejas e obras sociais dos católicos romanos; foram também fechadas as escolas, os hospitais e orfanatos.
O bispo Eugênio, para defender a fé e a liberdade de seu povo búlgaro, opunha-se energicamente às normas do governo comunista. Foi preso em julho de 1952 e negou-se a aceitar aquela lei especial de desobediência à Santa Sé. A polícia política do regime stalinista búlgaro acusou-o de subversão e espionagem por conta da Igreja de Roma. A sentença de morte foi ditada em 3 de outubro de 1952. Dom Eugênio, após ser torturado, morreu fuzilado na madrugada do dia 11 de novembro do mesmo ano, em Bulgária.
Numa das últimas cartas que enviou da prisão antes de morrer, para um dos seus amigos ortodoxos, escreveu: “Não vos preocupeis comigo; eu estou assistido pela graça de Deus e permaneço fiel a Cristo e à Igreja”.
Oficialmente, foi dado como desaparecido. Nem mesmo a família obtinha informações de seu paradeiro. No anuário pontifício, aparecia, ainda, como o bispo de Russe em 1975. Só naquele ano a notificação da morte foi dada oficialmente pelo governo búlgaro e depois confirmada com o acesso aos arquivos e ao relatório do fuzilamento.
Eugênio Bossilkov foi beatificado em 15 de março de 1998, numa cerimônia solene presidida pelo Papa João Paulo II na Basílica de São Pedro, em Roma, quando foi proclamado “primeiro mártir do século XX da Europa do Leste”, morto em nome da fé e da fidelidade ao Papa.
Sua data litúrgica é no dia 13 de novembro.